О каких справочниках идет речь?
Базовыми являются : справочник валют, классификатор единиц измерения, классификатор стран мира, справочник организаций.

Какого рода ошибки являются критическими?
Изменение системных кодов, переименования давно существующей карточки справочника, банальное дублирование строк.

Каким образом могут быть допущены подобные ошибки?
Мы заметили, что в большинстве случаев у всех пользователей стоят одинаковые и наиболее полные права, с максимальным уровнем доступа. Сознательно себе никто вредить конечно же не будет, но рука ведь может и дрогнуть!
На втором месте после человеческого фактора идут переносы данных. Особенно нестандартные, с особыми требованиями. В общем, то любые перекачки данных и дополнительные синхронизации между разными программами потенциально в зоне риска!
Конечно, речь не идет о том, чтобы подобные переносы не выполнять вовсе.
Просто будьте максимально бдительны и тщательно проверяйте результат нестандартных переносов.

Как починить то, что уже сломано?
В большинстве случаев самое сложное это правильно диагностировать проблему.
Если проблемный справочник точно идентифицирован – далее требуется полная проверка ссылочной целостности и групповая обработка всех «пораженных» объектов.
Обращаем внимание, такая процедура может быть весьма хлопотная и затратная.

Это как и со здоровьем – своевременная профилактика лучше лечения.
Будьте бдительны.